Questa volta, però, le autorità mettono in atto misure atte a prevenire furti o danni, sebbene le caverne ed il loro contenuto si difendano da soli grazie alle elevate temperature presenti all'interno ed al grado di umidità (46°C e 100% di umidità relativa). In queste condizioni, data la difficoltà di termoregolazione per mezzo della sudorazione, si arriva alla morte per surriscaldamento dell'organismo in breve tempo. La temperatura percepita, che non dovrebbe superare 35°C, arriva invece intorno ai 100°C, con immediato pericolo di morte. Nel 2006, la società Peñoles, proprietaria della miniera, in collaborazione con C/Producciones di Città del Messico e con La Venta Esplorazioni Geo­grafiche, dà inizio al Proyecto Naica con il compito di tenere sotto controllo le condizioni di salute dei partecipanti alle ricerche (Ricercatori e speleologi); poiché il problema principale è quello della permanenza nelle grotte per un tempo sufficiente, vengono studiate tute protettive dotate di meccanismi di raffreddamento e di respiratori. Il coordinamento scientifico del dipartimento di Scienze della Terra dell'università di Bologna si occupa del rilievo e morfologia delle grotte, della documentazione fotografica e degli studi geochimici. Quest'ultimo studio assume particolare importanza per cercare di dare risposte scientifiche sul motivo dell'esistenza di cristalli tanto grandi, sul tempo necessario alla loro formazione e sull'interazione con eventuali esseri viventi. I primi risultati degli studi hanno dimostrato che per ottenere cristalli di queste dimensioni occorre un ambiente stabile per migliaia di anni, con concentrazioni poco sature di sali disciolti.
Da Le scienze n. 514.

Le impurità gassose o liquide dei cristalli giganti ci possono inoltre dare indicazioni paleoclimatiche importanti, anche se la scoperta più interessante è la presenza di granuli di polline, che hanno percorso decine di chilometri sotto terra prima di risalire nelle grotte e quella di antichi batteri che avevano ridotto il loro metabolismo e che poi sono stati portati a riproduzione: si tratta di microrganismi che generalmente vivono in ambienti estremi o in acque calde come i geyser di Yellowstone. Una volta completati questi studi si pongono due problemi: quello delle razzie e quello della conservazione di questi ambienti naturali e della possibilità che altri possano godere di queste bellezze in futuro; è evidente che nel caso di cessazione dell'attività estrattiva l'acqua potrebbe tornare di nuovo ad inondare le cavità rendendole di nuovo non accessibili. C'è inoltre da tener conto del fatto che l'esposizione all'aria inizia ad alterare i minerali di gesso modificandone le estremità a favore della Calcite che le opacizza e ne fa perdere la lucentezza e la trasparenza. Per conservare tali bellezze si potrebbe adottare la tecnica usata durante la costruzione della diga di Assuan in Egitto, con la quale interi monumenti vennero tagliati e rimontati ad un livello superiore dove le acque non potevano arrivare. Potrebbe essere questo un modo per poter ancora godere della visione delle foreste di cristalli.