A casa di Emma, a Maer, osservò i lombrichi al lavoro che avevano dissodato una vasta estensione di terreno. Di lì a poco presentò una breve relazione sull'argomento alla Geological Society, un autentico successo, con 3500 copie vendute nel giro di pochi mesi. Il 29 gennaio 1839, sul diario scrive: "Mi sposo a Maer all'età di trenta anni; ritorno a Londra". Il 5 febbraio: "Incominciato tedesco". Il 7 febbraio: "Ricominciata monografia sui banchi di corallo".
Con annotazioni scarne venivano registrati essenzialmente spostamenti, date di inizio e fine dei lavori e, con notevole scrupolo, il presentarsi dei suoi malesseri, oltre a pochi altri eventi di particolare rilievo. Il 27 dicembre 1839, scrive: "Nato un figlio alle 9,30". E' William Erasmus (1839-1914) la cui nascita rappresenta una nuova opportunità di studio, favorita dalla eccellente occasione di un'osservazione ravvicinata.
Fin dai primissimi giorni di vita del figlio mette in atto un'osservazione continuata e sistematica dei suoi comportamenti, ne effettua una scrupolosa registrazione, e laddove possibile stabilisce analogie con il comportamento animale, con una speciale attenzione all'insorgere delle emozioni e delle relative espressioni. Ne mette a confronto il comportamento con quello delle scimmie di fronte a particolari esperienze come l'osservazione della propria immagine riflessa nello specchio. Gli appunti sarebbero stati pubblicati solo nel 1877, sulla rivista "Mind".
Dopo Doddy, l'affettuoso soprannome con cui veniva chiamato William, nacquero altri nove figli: Annie nel 1841, Mary l'anno successivo sopravvisse solo per tre settimane), Henrietta nel 1843, George nel 1845, Bessy nel 1847, Francis nel 1848, Leonard nel 1850, Horace nel 1851, e infine, nel 1856, Charles Waring, probabilmente affetto da sindrome di Down e che morì dopo 18 mesi a causa di un'epidemia di scarlattina.

Nell'autobiografia Darwin racconta come "l'incredulità s'insinuò lentamente nel mio spirito fino a diventare totale" e come progressivamente egli avesse sviluppato "un atteggiamento scettico e razionalista". L'estrema difficoltà, se non l'impossibilità, di concepire l'universo e l'uomo stesso "come il risultato del mero caso o di una cieca necessità" sono alla base della credenza in una Causa Prima dotata di un'intelligenza in qualche modo analoga a quella dell'uomo.
"Ma allora nasce il dubbio: quale fiducia si può avere in queste alte concezioni che sono formulate dalla mente umana, la quale, secondo il mio fermo convincimento, si è sviluppata da una mente semplice, uguale a quella degli animali inferiori? Non può darsi che esse siano il risultato di un rapporto tra causa ed effetto, che ci appare indiscutibile, ma che forse è soltanto trascurare la probabilità che l'inculcare una fede religiosa nei bambini produca un effetto così forte, e forse ereditario, sulle loro menti ancora non completamente sviluppate, da rendere loro difficile liberarsi dalla fede in Dio, così come è difficile per una scimmia liberarsi dalla paura e dall'odio che nutre istintivamente per il serpente? Non è mia pretesa far luce su questi astrusi problemi. Il mistero del principio dell'universo è insolubile per noi, e perciò, per quel che mi riguarda, mi limito a dichiararmi agnostico."
… Per lui dichiararsi tale era un elegante compromesso per uscire dal conflitto tra scienza e fede così sentito nella cultura e nella società vittoriane; poteva ancora esserci una sorta di continuità tra la teologia naturale che proprio attraverso la "legge naturale" giungeva alla celebrazione della grandezza del Creatore e il pensiero naturalistico degli agnostici, che, seppur schierati in difesa della scienza, potevano così evitare una contrapposizione insanabile nei confronti della religione.